Na mapach się nie znam, więc powiem od razu - nie wiem. Wiem za to, że możesz zrobić to doświadczalnie, a jeśli boisz się utraty save'a, to zrób sobie jego kopię zapasową w innym folderze (mapki zresztą też). W razie porażki eksperymentu z drzewem zawsze możesz podmienić pliki save'a i grać dalej na nim.
A co do samego drzewa - logicznie rzecz biorąc gra dzieli drzewa na "rosnące" (które można ścinać) i "statyczne" - sztuczne kolizje (których ściąć się nie da). Jeśli drzewa nie da się ściąć w grze, to spokojnie możesz usunąć je przez GE bez szkody dla save'a. Choć mylić się mogę... (dlatego pisałem o kopii zapasowej tego save'a)....